Fáze onemocnění
Po nakažení se virus rychle šíří organismem a už šest hodin po infekci se objevuje virémie, tzn. virové částice jsou v krvi prasete. Nejvyšší virová nálož je přítomná 4. až 14. den po infekci. Kmeny s vyšší patogenitou se vyznačují řádově vyšší virovou náloží. Příznaky akutního onemocnění se objevují právě v této fázi. Množství viru v organismu pak ale rychle klesá a většina prasat už za tři nebo čtyři týdny v krvi virus nemá. U mladších věkových kategorií virémie přetrvává déle než u prasat starších. Virová nálož i množství vylučovaného viru u mladších prasat je také větší.
Vymizení virémie ale neznamená, že prase přestává být infekční. Po akutní fázi infekce nastupuje různě dlouhá fáze persistentní infekce. PRRSV se dále množí v mízních uzlinách a v mandlích, i když klinické příznaky nemoci už nejsou přítomné. Délka této fáze může být až 250 dní.
Teprve poté je virus organismem definitivně poražen a prase se zcela vyléčí.
Poškození imunitního systému
V napadeném organismu dochází ke zničení, nekróze, napadených makrofágů. Mnohem zhoubnější je ale působení viru na celé fungování imunitního systému. Nakažené makrofágy totiž vylučují tzv. prozánětlivé cytokiny, dochází k dysregulaci imunitních procesů. V okolí napadených makrofágů hynou v důsledku apoptózy i jinak zdravé bílé krvinky, v plicích jsou to další makrofágy, v mízních uzlinách lymfocyty. Narušení funkce lymfocytů zpomaluje jakékoliv vytváření protilátek i reakci organismu na jiné infekce, rozvíjí se imunosuprese. Vysoce patogenní kmeny PRRS dokáží vyvolat cytokinovou bouři a rychlý úhyn.
Oportunní infekce
Životní prostředí prasat není sterilní. V jejich okolí se neustále vyskytují další různě patogenní mikroorganismy. Imunosuprese způsobená infekcí PRRS predisponuje prasata k bakteriálním zápalům plic a bakteriálním onemocněním způsobujícím otravu krve, jako je infekce Streptococcus suis. Navíc komponenty bakteriální stěny gram–negativních bakterií samy o sobě silně stimulují tvorbu prozánětlivých cytokinů a tím se patogenní účinek gram–negativní infekce a PRRS násobí. Aby toho nebylo málo, k takové stimulaci nemusí být bakterie ani živé, ani výrazně patogenní, ke zhoršení průběhu PRRS může stačit jen inhalace prachu, který bakterie nebo jejich části obsahuje.
Další nemoc, která se rozvíjí mnohem snáze v přítomnosti infekce PRRS je cirkoviróza. PRRS umožňuje mnohem intenzivnější množení cirkoviru, výsledkem souběžné infekce je mnohem závažnější virový zápal plic způsobený PRRS a snadnější rozvoj multisystémového chřadnutí způsobený cirkovirózou.
Nákaza plodů
PRRSV během akutní fáze infekce přechází přes placentu na nenarozená selata. Přenos je zvláště snadný v poslední třetině březosti. V selatech se virus množí v brzlíku, mandlích a mízních uzlinách. Ke smrti plodu ale častěji dochází kvůli infekci makrofágů ve výstelce děložní sliznice matky. Apoptóza postihuje i placentu a dochází k jejímu odlučování. Ne všechna selata musí hynout, mohou se narodit nakažená.
Průběh infekce PRRS ve stádě
Příznaky onemocnění ve stádě jsou různorodé a ovlivňuje je mnoho faktorů: virulence daného kmenu PRRS, přítomnost jiných onemocnění, úroveň chovu a jeho management a odolnost prasat, jak vrozená, tak získaná.
Výslednicí může být cokoliv od subklinického snížení užitkovosti až po průběh pro stádo zcela devastující.
Epidemická infekce
Pokud se PRRS dostane do předtím zdravého stáda, objeví se jako akutní epidemie postihující všechny kategorie prasat. Ve stádě se nemoc šíří rychle, během několika málo týdnů onemocní většina zvířat. Viditelné příznaky akutní infekce mohou u mnohých dospělých prasat chybět, jiná mají horečku, jsou netečná, kašlou. Kojící prasnice ztrácí mléko a kanci libido. Někdy na sebe nemoc upozorní náhlým zhoršením dlouhodobě vyskytujících se onemocnění, jako je svrab, sípavka nebo záněty močových cest a ledvin. Mortalita u dospělých prasat spojená s akutní infekcí činí 1–4 %.
U běhounů a prasat ve výkrmu jsou příznaky akutní infekce výraznější. Jsou letargická, trpí horečkou a kašlou, štětiny bývají zježené a kůže zarudlá. Denní přírůstky hmotnosti jsou nižší. Ve větší míře se objevují další nemoci, jako je svrab, osutina, bakteriální zápaly plic, streptokoková meningitida a Glässerova choroba. Mortalita činí 12–20 %. Vysoce patogenní kmeny způsobují také třes, nekoordinované pohyby a křeče, vysokou horečku, rychlé vyhubnutí a hromadné hynutí.
Nejnápadnějším projevem akutní epidemické infekce je hromadné zmetání. 1–3 % akutně nemocných prasnic zmetá v jakékoliv fázi březosti, což se může maskovat i jako přebíhání nebo opožděný nástup říje. Většina nakažených prasnic však porodí předčasně nebo v termínu a ve vrhu je kombinace normálně vypadajících selat, živých malých slabých selat, mrtvých, ale čerstvě uhynulých selat, selat v rozkladu a selat v různém stadiu mumifikace. V jednom vrhu mohou být i všechna selata mrtvá nebo všechna živá, ale obecně činí podíl mrtvě narozených selat 7–35 % všech selat na porodně. 1–2 % prasnic navíc mohou hynout v souvislosti s porodem. Vysoce patogenní kmeny PRRS dokáží vyvolat i zmetání u poloviny nebo i u všech prasnic s úhyny prasnic překračující 10 %.
Živě narozená selata bývají slabší a jejich ztráty před odstavem vysoké. Bývají hubená, málo životaschopná, dušná, spavá a hyne jich až 60 %.